目次
午前
資料作成
DNA抽出
PCR実験
午後
論文書き
電気泳動
資料作成
学生×２が、PCR、シーケンスで不可解な結果が出ているので、自分のサンプルを合わせて実験。
１名は何となく状況が判明。
もう一名はシーケンスを試さないと分からない。
ハワイからフナムシ属を記載した論文。
Santamaria C.A., Bork A., Larson A.J., Link D.J. (2025) Description of a novel Ligia species from Nihoa, a remote island in the Papahānaumokuākea Marine National Monument. PeerJ, 3: e19373.
筆頭著者は、これまでもたくさんのフナムシ属に関する論文を発表している。
塩基配列ベースで分類を進めているのが、この論文では、下記の基準が満たされた場合に新種とすると明確に書かれている。
対象する集団の単系統性が高く支持される（BS > 90、BPP > 95）。
対象とする集団内の遺伝的変異（COIのK2P）が1%未満。
対象とする集団と姉妹種とのK/θは4よりも大きい。
遺伝子ベースの種分類（GMYC、PTP）で独立した種と推定される。論文中には（４）、（５）として２つに分けて書かれているのが、結局、このことを言っている気がするけど、、、。
賛成するかは、ひとまず置いておいて、フナムシ属の種分類では、一つの基準になりそう。
ただし、記載に際しては、塩基配列データだけでなく、形態の差異にも触れている。
あと、FASTACHAR v0.2.4というプログラムを使って、新種の「diagnostic nucleotide positions」というのを報告している。